A partir du XVème siècle, les donations et le nombre de moines diminuent fortement.
Boquen eut à sa tête 17 abbés et 15 abbés commendataires mais à partir du XVIème, elle déclina et ne compta plus, à la veille de la révolution, qu'un prieur et 3 moines. Elle fut vendue comme bien national pendant la révolution française et elle servit de carrière de pierres avant de tomber en ruine et dans l'oubli.
Au XVIIème siècle, des tentatives de réforme aboutissent à la reconstruction et à la réparation d'une partie des bâtiments, par exemple la maison du Prieur.
En 1936, Dom Alexis, moine d'origine bretonne, venant de l'abbaye de Tamié, arrive pour relever l'abbaye de Boquen. Avec l'ambition de revenir à la pureté originelle de la règle de Saint Benoit, bientôt plusieurs frères le rejoignent et entreprennent de reconstruire l'abbaye. Très rapidement l'église est restaurée et sont construits réfectoire, cloître, bâtiments des novices...
L'été 1965, l'église romane restaurée est à nouveau consacrée et le charisme de Dom Alexis attire de nombreux fidèles. En 1964, Dom Alexis nomme pour lui succéder, un jeune moine, Bernard Besret, professeur de logique mathématique et docteur en théologie, qui bouscule, dans la lancée de Vatican II et sous l'influence de mai 1968, les règles traditionnelles de l'ordre et des dogmes de l'église en s'ouvrant aux problèmes de société.
La communauté des soeurs de Bethléem est présente dans l'abbaye de 1973 à 2011. Pour leur succéder, c'est la Communauté du Chemin Neuf qui est présente aujourd'hui à l'abbaye.
L'église est de grandes dimensions avec ses 49.85 mètres de l'entrée à la grande verrière du fond de choeur. Les deux transepts font quant à eux 27.47 mètres du pignon sud au pignon nord.
